Après avoir débuté sa carrière dans les collectivités territoriales, Bernard Le Magoarou est nommé administrateur des monuments nationaux en 2011. Il a été, entre autres, administrateur de la Villa Kérylos, du monastère de Saorge, des Tours de La Rochelle ou encore de l’Abbaye du Thoronet et du Fort de Brégançon. Il est, depuis 2022, administrateur du site archéologique de Glanum et de l’Hôtel de Sade à Saint-Rémy-de-Provence.